食用菌培植原料的灭菌，基本方法只有一种，即湿热灭菌法。
但现实中根据菇种要求、前处理、原料种类和含水量等不同，实际灭菌操作的参数指标是多元化的，以往的观念里，都把灭菌简单分为常压灭菌和高压灭菌，相对说的温度也就是100℃和121℃、126℃三个梯度，这是指使用常规定型设备，在不做特殊处理的前提下，实现灭菌目标的温度压力基准模式。
事实上，灭菌效果的达成，温度和时间都是相关因子，且都是正相关的关系，但不是线性关系，所以，只要达到合理的搭配，100℃以上任何温度标准都可以有效完成灭菌，只是达到标准后的保持温度的时间会不同。甚至辅以化学手段的话，温度都可以降低至100℃以下！
具体到什么温度多少时间，别说这个问题很简单，回答起来不容易。随便估计一下，出来差错，损失可就不是一点点。实际生产和实验室工作，完全是两回事的，这是责任和成本的双重压力都有的。
因此，许多生产者的灭菌程序都是宁过勿欠，这个从保险角度是正确的做法，但实际上也并不是合理的。
与灭菌效果相关的因素，操控方面当然是温度和时间的组合，但考量这个组合，需要的依据是不一样的，而且由于设备的限制，通常温度（也可以说是压力/压强）是不能随意的。
由于设备的强度，带来的灭菌温度不一样，我们现在实际使用的食用菌灭菌方法大致上可以划分为如下几种：
1、常压灭菌，指不含固定容器或者容器缺乏压力抗性、或不完全密封，灭菌时原料温度以不低于98℃为基准的方式。这种方式实际保持灭菌空间温度的时间比较长，因为一方面是温度低，二是主要用于封闭严格的袋栽模式，热传导比较慢，延时是为了保障效果。另一方面如果菌袋堆砌紧实的话，也要增加热传导难度。还有一个重要因素是原料的含水量，含水量低，导热也慢，所以常压灭菌的实际加热保温时间，少则10-12小时，多则36-48小时。特别长时间的都是因为堆太大，堆得密实，一次性量特别多。
2、高压灭菌，这个和其他工业上的高压意思差距很大，不过是指蒸汽压强0.15MP的上限而已。高压灭菌有两套应用标准，一套是对液体培养基的标准，121℃，约0.1MP，0.5小时。另一套是对固体培养基（含水量≥60%）的标准，126℃约0.14-0.15MP，1.5小时。实际应用时，有人根据自身条件做些调整，以124℃为标准，1.6-1.8小时的也可以。
3、亚高压，在大型方形灭菌锅上应用较多。大致的灭菌温度在110℃左右，灭菌保温时间3-4小时不等。亚高压灭菌是一种相当于见机行事的灭菌模式，是规避大容量带来的对设备安全隐患而做的一种变通妥协。
4、次高压，也称微压灭菌，这是在常压灭菌基础上稍作加强的另一种变通，如果使用比较结实的材料制作灭菌容器，在蒸汽压强仅0.12-0.13MP范围，温度105-107℃的情况下，也可以有效缩短灭菌时间，保障灭菌效果其灭菌保温时间为5-6小时。
5、二次灭菌，也叫间歇灭菌，温度100℃保持1小时后，自然冷却至常温，然后第二天重复一次上述操作。其原理是杀死活体杂菌，冷却后休眠体萌发，然后在休眠体没有重新形成之前再次杀灭活体。这个方法要注意不能挤压，避免冷却不透和太慢，导致休眠体得不到萌发条件。所以不适合外界气温25℃以上的情况。
6、诱导萌发灭菌，是指在灭菌前对原料进行一定的发酵，诱导杂菌休眠体萌发，这样，灭菌所需时间就大为缩短。但因为缺少有效的控制手段，诱导效果难以掌握，通常发酵时间控制在48小时之内，发酵温度不高，保证透气性，以增加诱导萌发效果。灭菌100℃保温时间为3-5小时。
7、发酵熟料，和上述诱导萌发灭菌不同的是，它主要不考虑休眠体萌发，而是考虑通过发酵产生混合的多种类型的抗生素，在较短时间的灭菌过程里对抗生素破坏不严重，使得休眠体萌发被抑制。这个方法要求的100℃灭菌时间为2-4小时，忌讳过长，过长抗生素破坏严重，效果反而更差，同时对前发酵的掌握也需要较高的技巧。该方法的原料消耗较为明显，对最后的生物学效率有些影响。
这个方法的实际操作，由于常压灭菌堆砌导致升温降温时间的延长，不需要100℃就可以达到效果，所以，采取停止加热后焖锅的方法，一般是加热到灭菌空间气温100℃停火或者料温达到80℃略高些，也足够了。由于这个方法实际上是后期抗生素类物质起作用抑制杂菌，严格的说，不能叫灭菌了。大量使用时，温度时间各人有所差别，少量做试验时，在手提锅内压强上升至120℃立即停火泄压出锅也可以。
这种方法的特殊性在于可以比较开放的接种，这样处理的原料对绝大部分常见杂菌有抗性，但必须在较短时间里完成发菌。因为它实际上是带杂的，当随着时间延长其中抑菌物质降解，如果不能完成发菌，也是会出现污染的。
以上七种方法都是纯物理的，后三种属于变通的形式，因此对初学者效果的可靠度略差，需要经验去掌控。但基于操作的简单易行和条件要求低，能耗低，在实际生产上应用还是很多，特别是在平菇类培植上，几乎是主流方式了。
但现在有一种物理化学结合的方法，叫中温灭菌，这种方法目前国内有多家产品在市面上流通，其方法是结合高温和化学灭杀的双重作用，降低灭菌温度要求并大幅度缩减时间，而同时并不需要设备能够耐压。
中温灭菌的药物，要求是无残留毒害，目前因为配方比较混乱，名称也各行其是，比如有些产品叫中温灭菌剂，而有些产品叫促酵剂。
这个方法的好处是不必加热那么高温度，也无需长时间保温，相当节能，不过弊病是拌料操作要求高，不匀则无效，同时价格也比较高，经济效益体现不够，所以现在看起来，北方和高海拔地区应用比较多，因为那里不光是需要节能，而且确实难以达到足够的高温。而在南方，应用的优势就不那么大了。
